1970:
En la década de los 70’s con el apoyo de Nacional Science Foundation, diversos grupos investigadores desarrollaron en Estados Unidos propuestas para la educación en ciencias. De aquí surgió la indagación guiada como estrategia de aprendizaje de las ciencias.

1995:
El Ministerio de Educación de Francia apoyó la idea de científicos franceses de liderar un programa de renovación de la enseñanza de las ciencias en ese país y adoptó la indagación guiada como estrategia: Surgió el proyecto nacional “La main à la Pâte”

1998:
Siguiendo el rápido crecimiento del proyecto en Francia, el Liceo Francés Louis Pasteur en Bogotá empezó la formación de algunos profesores con el acompañamiento pedagógico de la Universidad de los Andes.

2000:
Nació el programa Pequeños Científicos liderado por el Liceo Francés Louis Pasteur, la Universidad de los Andes y Maloka.

2001:
• Se realizó la adaptación de materiales Insights al contexto colombiano.
• La Universidad de los Andes formó a los maestros de los 5 colegios de la Alianza Educativa (colegios públicos de Bogotá cuya administración se otorgó en concesión a esta Corporación).

2002:
• Se empezó a conformar una red latinoamericana de proyectos entre Brasil, Chile, México y Colombia.
• Empezó la formación de maestros de colegios oficiales de Bogotá y se establecen alianzas con universidades de otras regiones. Surgieron los núcleos de Manizales, Bucaramanga, Medellín y Leticia.

2003:
El Ministerio de Educación Nacional empezó a promover el programa entre las secretarías de educación y empresarios de diferentes regiones, lo cual resultó en la posibilidad de desarrollar el programa en nuevos lugares del país.

2005:
• Pequeños Científicos ganó el premio Purkwa, otorgado por la Escuela de Minas de Saint Etienne, por su contribución a la alfabetización científica de los niños del planeta.
• Se adhieren a la Alianza Pequeños Científicos, la Academia Colombiana de Ciencias y la Embajada de Francia.

2006:
Se empezó a construir el sistema de evaluación del programa y a desarrollar el sistema de gestión de calidad de la organización nacional.

2007:
• Tuvo lugar la primera graduación de colegios públicos de Bogotá, con un alto nivel de consolidación en el programa.
• Se piloteó una nueva estrategia de formación de formadores mientras estos formaron nuevos docentes.

2008:
Se lanzó el portal Latinoamericano IndágaLA, como apoyo en la formación y el acompañamiento de maestros en la Enseñanza de la Ciencias Basada en Indagación (ECBI)

2009:
• Se dio comienzo a la primera formación en Pequeños Científicos homologable con la especialización y maestría en educación que ofrece la Universidad de los Andes.
• Primera experiencia de formación en maestros de bachillerato.
• Traducción y adaptación de materiales para secundaria.